Sur demande, Prohistoire fournit des séquences d'enseignement sur différentes thématiques en histoire. Les historiens de Prohistoire disposent d'une longue expérience d'enseignement au sein de différentes institutions (UniGE, EPFL et Secondaire II pour Gérard Duc; UniGE, Secondaire I et II pour Olivier Perroux).

Prohistoire dispense également des formations continues pour les enseignants du secondaire. Basées sur des supports didactiques originaux et interactifs, ces séquences sont dispensées sur une journée entière.